Yleissuunnitelma on pitkän aikavälin visio merenlahtien tavoitetilasta, joka huomioi luontoarvot, maankäytöntarpeet ja alueen ihmisten näkökantoja. Yleissuunnitelma tehdään kunnostettavien kohteiden kartoittamiseksi, järkevien ja kustannustehokkaiden toimenpiteiden löytämiseksi.
Yleissuunnitelmassa selvitetään mahdolliset läjitysalueet, vesijättömaiden täyttämismahdollisuudet sekä toimenpiteiden suorittaminen kustannustehokkaasti.
Yleissuunnitelman tekoa ohjaa kaupungin maankäyttö ja ympäristötoimi esim. maankaatopaikalle vietävän maa-aineksen ohjaaminen läjitysalueen penkaksi.
Valmistunut yleissuunnitelma on MeriHamina hankkeen kuvaus, sen ei ole edes tarkoitus olla täydellinen eikä sisältää kaikkia toimenpiteitä ja kohteita. Yleissuunnitelmaa täydennetään hankekohtaisilla suunnitelmilla jotka sitten sisältävät yksityiskohtaisen tiedon. YLEISSUUNNITELMA on luettavissa MeriHaminan internet-sivuilta osoitteessa:http://www.merihamina.fi/index.php/merihamina-hanke/tiedostot
Yleissuunnitelman valmistumisen jälkeen on tunnistettu monia merkittäviä luontoarvoja sisältäviä kohteita, näiden toimenpiteiden suunnittelu ja toteutus tapahtuu erillisinä osa-hankkeina.